В России И.И. Кикнадзе является основателем научного направления – функциональной организации хромосом и дифференциальной активности генов у двукрылых. На модели политенных хромосом ею разработаны основные положения функциональной организации интерфазных хромосом и понятия о хромомерах как их структурно-функциональных единицах.